马桥古文化遗址的第四层被考古界视为太湖地区（包括杭州湾地区）的一个典型遗存，1982年定名为马桥文化。
　　
　　 马桥文化有一个奇特的返祖现象：即在其他地区良渚文化晚期出现的许多耗工费时的稀世珍品，包括玉器，带细刻图案的陶器、象牙器，在马桥古文化遗址中均未发现，遗存只是些粗陋的陶器杂件。同时，作为马桥文化原始文字的形器结构和表意方式，比上距千年的良渚文字更为简单。这种现象，考古界认为除社会发展因素外，很大程度是受生态环境的影响。新石器晚期气候变暖，海平面上升，致使沿发生一次大规模的海浸。沿海先民不得不离开故土，远走他地。这一地区众多聚落荒废，人大批死亡，造成马桥文化突然衰落，与良渚文化风格传统渊源相中断。